有6所。
本科院校：
东北农业大学：
位于黑龙江省哈尔滨市，是一因此农科为优势，以生活科学和食品科学为特色，农、工、理、经、管等多学科协调提高的民族首批“211工程”重点建设大学，是黑龙江省人民政府与中华人民共和国农业部共建大学、民族首批“中西部高校基础能力建设工程”、“卓越农林人才教育培养规划”改革试点高校，民族首批“双一流”全球一流学科建设高校，教育部本科教学职业水平评估杰出院校、入选教育部“援疆学科建设规划”40所重点高校其中一个。
黑龙江中医药大学：
始建于1954年，学校是黑龙江省重点建设的高水平大学，民族973规划项目首席科学家单位。于2004年获得全国首批教育部本科教学职业水平评估杰出2007年全国首家通过教育部本科中医学专业认证单位，2008年被确定为民族中医临床研究基地建设单位，2009年和2014年被评为全国灵魂文明建设职业先进单位。
东北林业大学：
是黑龙江省唯一一所教育部直属高校。
以林业工程为特色，农、理、工、经、管、文、法、医、艺相结合的多科性全国重点大学，是民族“211工程”、“985工程优势学科创造平台”重点建设院校，是民族“双一流”全球一流学科建设高校、高水平行业特色大学优质资源共享联盟成员高校，入选“2011规划”、“卓越工程师教育培养规划”、“111规划”，“卓越农林人才教育培养规划”，民族林业局、黑龙江省人民政府三方共建高校，设有研究生院。
哈尔滨理工大学东校区：
是哈尔滨理工大学在黑龙江的三个校区(包括东区，西区，南区)其中一个，原为哈尔滨电工学院老校区。
也是哈尔滨理工大学最古老的校区。
目前有两个院系：软件学院和法学院。
专科院校：
哈尔滨金融高等专科学校：
是国务院批准组建的国内第一所金融类高等专科学校，学校原隶属于中国人民银行总行，2000年全国高等学校管理体制改革后，改为中央和地方共建，以地方管理为主，2010年4月，经教育部批准，升格为哈尔滨金融学院，学校位于黑龙江省哈尔滨市。
哈尔滨电力职业技术学院：
是经民族教育部批准建立的、黑龙江省唯一一所独立设置的电力类大专院校。学院始建于1958年，隶属于民族电网公司。学院位于风光旖旎的哈尔滨市区，毗邻高新技术产业开发区，与国际会展中心、亚洲第一高钢塔——龙塔遥相辉映，地理位置优越，校园内、外环境优美
